Rozhodujícím počinem pro stabilitu klubu z Noveho Mesta byl podpis smlouvy s výrobcem léků firmou KRKA v roce 1997. O dva roky později už KRKA Novo Mesto slavila svůj první titul. Pak po dvou finálových účastech v nejvyšší slovinské lize (vždy prohra s Olimpijí) se klub v sezoně 2002/03 opět probojoval až k mistrovskému titulu.

V další sezoně přišel nepříjemný pád a prohra už ve čtvrtfinále s Heliosem (1:2). Ani v dalších třech letech se nepovedlo klubu probojovat do čtyřčlenného play-off slovinské ligy. Až v roce 2008, po třetím místě v základní části, se Krka probojovala do semifinále, ale stejně jako v následujícím roce neuspěla v semifinále proti Heliosu.

Zlom přišel v sezoně 2009/10, kdy Krka nejen postoupila přes Helios ze semifinále, ale také ve finále prorazila do té doby hegemona slovinského basketbalu Olimpiji Ljubljana. Od roku 2010 pak pravidelně svádí KRKA souboj o mistrovský titul s Olimpijí a byť ji vždy tým z hlavního města alespoň jeden zápas sebere, o mistrovský titul se připravit nedá.

KRKA Novo Mesto je osminásobným účastníkem Adriatické ligy. Největšího úspěchu dosáhla hned v první premiérové sezoně v roce 2002, kdy svou účast dotáhla do finále. Na vyšší patra dosáhla ještě v roce 2011, kdy skončila svou pouť až v semifinále. V této sezoně hrál Adriatickou ligu také Nymburk a v obou zápasech výrazně prohrál (77:57, 72:50 pro KRKA).

Sezona 2010/11 byla pro KRKA Novo Mesto významná i tím, že klub zvítězil v poháru EuroChallenge. O rok později v poháru Eurocup s KRKA probojovala do skupiny LAST 16, ale v dalších dvou letech se opět vrátila k poháru EuroChallenge.

V Nymburkem se kromě dvou zápasů v Adriatické lize střetla KRKA ještě dvakrát. V roce 2012 i 2013 vždy v rámci soustředění ve Slovinsku. Ani jednou nebyli domácí úspěšní (54:61, 62:71 pro Nymburk).